转基因作物由于具有抗性基因，使得部分抗生素失效从而影响抗生素治疗的有效性;转基因作物由于具有抗性基因，在物种间的竞争关系中成为优势种，破坏生物多样性;转基因作物携带的抗性基因可能通过花粉等形式转移到其它植物中;转基因作物携带抗性基因通过自然选择加速昆虫向抗虫方向进化